香港中医医院积极与中国内地及粤港澳大湾区同侪联系、交流和协作，以推动中医药发展。同时，医院作为本港医疗系统的重要部分，与本地相关的医疗和非医疗界別建立伙伴协作关系。

战略合作协议

香港中医医院就医疗服务、人才培训及科研等方面，与国家省级行政区的重点医院达成战略合作协议。以下合作伙伴按照签署协议时序由远至近排列。

• 广东省中医院
• 澳门镜湖医院
• 江苏省中医院
• 山东中医药大学附属医院
• 成都中医药大学附属医院
• 首都医科大学附属北京中医医院
• 天津中医药大学第一附属医院
• 深圳市中医院
• 河北省中医院
• 上海中医药大学附属龙华医院
• 河南中医药大学第一附属医院

项目合作协议

香港中医医院就发展特定项目，与内地省市的重点医院达成合作协议。以下合作伙伴按照签署协议时序由远至近排列。

• 成都中医大银海眼科医院（建立中医眼疾专病中心）
• 广州中医药大学第一附属医院（建立中医肿瘤专病中心）
• 北京中医药大学东方医院（建立中医非药物疗法专项）
• 佛山市中医院（建立中医痛症专病中心）

本地大学合作协议

香港中医医院作为本地三所设有中医药学院或中医学院的本地大学的教学医院，与大学建立紧密合作伙伴关系。以下合作伙伴按英文字母顺序排列。

• 香港浸会大学
• 香港中文大学
• 香港大学

18区中医诊所暨教研中心

香港中医医院联同中医诊所暨教研中心建立平台，以促进服务发展、知识、及人才流转，并加强在服务、培训、教学和科研方面的协作。