香港中醫醫院積極與中國內地及粵港澳大灣區同儕聯繫、交流和協作，以推動中醫藥發展。同時，醫院作為本港醫療系統的重要部分，與本地相關的醫療和非醫療界別建立伙伴協作關係。

戰略合作協議

香港中醫醫院就醫療服務、人才培訓及科研等方面，與國家省級行政區的重點醫院達成戰略合作協議。以下合作伙伴按照簽署協議時序由遠至近排列。

• 廣東省中醫院
• 澳門鏡湖醫院
• 江蘇省中醫院
• 山東中醫藥大學附屬醫院
• 成都中醫藥大學附屬醫院
• 首都醫科大學附屬北京中醫醫院
• 天津中醫藥大學第一附屬醫院
• 深圳市中醫院
• 河北省中醫院
• 上海中醫藥大學附屬龍華醫院
• 河南中醫藥大學第一附屬醫院

項目合作協議

香港中醫醫院就發展特定項目，與內地省市的重點醫院達成合作協議。以下合作伙伴按照簽署協議時序由遠至近排列。

• 成都中醫大銀海眼科醫院（建立中醫眼疾專病中心）
• 廣州中醫藥大學第一附屬醫院（建立中醫腫瘤專病中心）
• 北京中醫藥大學東方醫院（建立中醫非藥物療法專項）
• 佛山市中醫院（建立中醫痛症專病中心）

本地大學合作協議

香港中醫醫院作為本地三所設有中醫藥學院或中醫學院的本地大學的教學醫院，與大學建立緊密合作夥伴關係。以下合作伙伴按英文字母順序排列。

• 香港浸會大學
• 香港中文大學
• 香港大學

18區中醫診所暨教研中心

香港中醫醫院聯同中醫診所暨教研中心建立平台，以促進服務發展、知識、及人才流轉，並加強在服務、培訓、教學和科研方面的協作。